onemocnění: familiární adenomatózní polypóza (FAP)

Jedná se o jeden ze tří nejčastějších dědičných syndromů vedoucích ke vzniku kolorektálního karcinomu (CRC) a představuje necelé 1% všech CRC (Half et al 2009). FAP je většinou způsobena mutací v genu APC a její dědičnost je autosomálně dominantní. U pacientů s FAP dochází v tlustém střevě k rozvoji stovek až tisíců polypů tlustého střeva, které se bez adekvátní terapie do deseti let malignizují. Polypy a nádory se mohou vyvinout např. i v horním trávicím traktu, mozku, nebo štítné žláze. Méně závažná forma FAP (AFAP; atenuovaná familiární adenomatózní polypóza ) se vyznačuje přítomností <100 polypů, nižším rizikem vzniku CRC a jeho pozdějším nástupem.

1. vyšetřované geny: APC ("Adenomatosis Polyposis Coli")

Gen APC hraje významnou roli v kontrole buněčného cyklu, kde reguluje aktivitu proteinu β-catenin. Mutovaný nefunkční gen APC nemůže tlumit aktivitu β-cateninu, dochází tak k poruchám buněčného cyklu a tvorbě polypů.

2. vyšetření, materiál, metody:

Vyšetření germinálních mutací APC genu musí indikovat klinický genetik po provedení klinického vyšetření pacienta.

vyšetřenímateriálmetody
germinální mutace malého rozsahu v genu APCperiferní krev pro izolaci gDNAPCR a přímé sekvenování kódujících oblastí všech exonů a přilehlých částí intronů, alt. Sekvenování nové generace (NGS)
germinální mutace velkého rozsahu v genu APCperiferní krev pro izolaci gDNAMLPA test P043, fragmentační analýza, alt. Sekvenování nové generace (NGS)

3. odběr, uskladnění a transport materiálu:

materiálodběrová zkumavka / fixacemnožství odebraného materiáluskladování zkumavky před odběremskladování zkumavky po odběrumax. čas do transportupoznámky
periferní krev pro izolaci gDNAvakueta s EDTA1mLpokojová teplota2-8°C7 dní
vakueta Streck **
"Cell-Free DNA BCT®"
8mL/2mLpokojová teplotapokojová teplota14 dnípo odběru vakuetu 10x otočit tam a zpět
** vakuetu Vám dodá naše laboratoř
pozn: transport materiálu z Vaší ambulance k nám zajistí naše laboratoř, kontaktní osoba: Monika Šedivcová, tel: +420 737 220 498, sedivcova@medima.cz

4. klinická senzitivita:

Mutace v genu APC se vyskytuje zhruba u 85% případů FAP a 20% - 30% případů AFAP (Claes et al 2011). Kombinací přímého sekvenování gDNA (všech exonů a přilehlých intronových úseků) a MLPA-mP043 testu jsme schopni zachytit zhruba 95 % známých mutací genu APC.

5. analytická senzitivita a specifita:

Analytická senzitivita a specifita Sangerova sekvenování: 99 %

Analytická senzitivita MLPA 90%, specifita 98%.

Analytická senzitivita a specifita NGS: ..........

6. limitace vyšetření:

Mutace hluboko v intronových a regulačních sekvencích nebudou zachyceny. Vzácné polymorfismy v místě nasedání primerů nebo prob mohou způsobit diagnostickou chybu. V případě analýzy somatických mutací sekvenováním nebudou mutace zachyceny, pokud alterovaná buněčná linie nebude zastoupena alespoň ve 20 % buněk, nebo v 5% buněk v případě NGS.

7. akreditace a kvalita:

Sangerovo sekvenování APC: ISO 15189

MLPA testy: P043 - RUO

NGS:

U zmíněných testů provádíme interní validace s ohledem na doporučení k ISO 15189.

6. reference

  • Half E, Bercovich D, Rozen P. Familial adenomatous polyposis. Orphanet Journal of Rare Diseases. 2009;4:22.
  • Claes K, Dahan K, Tejpar S, De Paepe A, Bonduelle M, Abramowicz M, et al. The genetics of familial adenomatous polyposis (FAP) and MutYH-associated polyposis (MAP). Acta Gastroenterol Belg. 2011; 74(3):421-6.