onemocnění: Birt-Hogg-Dubé syndrom (BHDS)

Charakteristickým znakem BHDS je výskyt mnohočetných drobných lézí na tváři, krku a horní části trupu. Tyto léze jsou charakterizovány jako fibrofolikulomy a trichodiskomy. BHDS je rovněž vzácně asociován s nádory ledvin, spontánním pneumothoraxem, střevními adenomy a karcinomy. Dědičnost BHDS je autosomálně dominantní a jeho příčinou jsou mutace v genu BHD (aka FLCN). Nejčastěji se jedná o sestřihové mutace, "frameshift" delece a inzerce, či "nonsense" mutace způsobující zkrácení a ztrátu funkce BHD proteinu. Méně časté jsou "missense" mutace a velké delece. U více než poloviny případů s BHDS se mutace vyskytují v exonu 11 genu BHD, kde se nachází tzv. „hot-spot“ místo tvořené osmi cytosiny v řadě (inserce či delece jednoho C).

1. vyšetřovaný gen: BHD ("Birt-Hogg-Dubé", zvaný též FLCN "Folliculin")

Gen BHD je tumorový supresor a jeho přesná funkce není dosud známa. Nejspíše inhibuje aktivaci mTOR signální dráhy tím, že brání kináze AMPK (AMP-activated protein kinase) aktivovat protein HIF (Yan et al 2014).

2. vyšetření, materiál, metody:

Vyšetření germinálních mutací BHD genu musí indikovat klinický genetik po provedení klinického vyšetření pacienta.

vyšetřenímateriálmetody
germinální mutace malého rozsahu v genu BHDperiferní krev pro izolaci gDNAPCR a přímé sekvenování kódujících oblastí všech exonů a přilehlých částí intronů, alt. Sekvenování nové generace (NGS)
germinální mutace velkého rozsahu v genu BHDperiferní krev pro izolaci gDNAMLPA test P256, fragmentační analýza, alt. Sekvenování nové generace (NGS)

3. odběr, uskladnění a transport materiálu:

materiálodběrová zkumavka / fixacemnožství odebraného materiáluskladování zkumavky před odběremskladování zkumavky po odběrumax. čas do transportupoznámky
periferní krev pro izolaci gDNAvakueta s EDTA1mLpokojová teplota2-8°C7 dní
vakueta Streck **
"Cell-Free DNA BCT®"
8mL/2mLpokojová teplotapokojová teplota14 dnípo odběru vakuetu 10x otočit tam a zpět
** vakuetu Vám dodá naše laboratoř
pozn: transport materiálu z Vaší ambulance k nám zajistí naše laboratoř, kontaktní osoba: Monika Šedivcová, tel: +420 737 220 498, sedivcova@medima.cz

4. klinická senzitivita:

Mutace v genu BHD se bývá nalezena zhruba u 90% případů BHDS (Toro et al 2008). Kombinací přímého sekvenování gDNA (všech exonů a přilehlých intronových úseků) a MLPA-mP256 testu jsme schopni zachytit zhruba 95 % známých mutací genu BHD.

5. analytická senzitivita a specifita:

Analytická senzitivita a specifita Sangerova sekvenování: 99%

Analytická senzitivita MLPA 90%, specifita 98%

Analytická senzitivita a specifita NGS: ..........

6. limitace vyšetření:

Mutace hluboko v intronových a regulačních sekvencích nebudou zachyceny. Vzácné polymorfismy v místě nasedání primerů nebo prob mohou způsobit diagnostickou chybu. V případě analýzy somatických mutací sekvenováním nebudou mutace zachyceny, pokud alterovaná buněčná linie nebude zastoupena alespoň ve 20% buněk, nebo v 5% buněk v případě NGS.

7. akreditace a kvalita:

Sangerovo sekvenování APC: ISO 15189

MLPA testy: P256 - RUO

NGS:

U zmíněných testů provádíme interní validace s ohledem na doporučení k ISO 15189.

8. reference

  • Toro JR et al. BHD mutations, clinical and molecular genetic investigations of Birt-Hogg-Dubé syndrome: a new series of 50 families and a review of published reports. J Med Genet. 2008;45:321–31.
  • Yan M. et al. The tumor suppressor folliculin regulates AMPK-dependent metabolic transformation. J Clin Invest. 2014 Jun;124(6):2640-50.