onemocnění: melanom, karcinom kolorekta, vaječníků, štítné žlázy a další

Mutace genu BRAF jsou asociovány s řadou nádorů (kolorektální karcinom, maligní melanom, non-Hodgkin lymfom, thyroidní papilární karcinom, nemalobuněčný karcinom plic a adenokarcinom plic). 80% mutací je způsobeno transverzí T1799A, která vede k aminokyselinové záměně V600E. V případě kolorektálního karcinomu přitomnost mutace V600E prakticky vylučuje diagnózu Lynchova syndromu.

1. vyšetřovaný gen: BRAF ("v-raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1")

Gen BRAF kóduje protein příslušející k rodině raf/mil serin/threoninových kináz. Protein hraje důležitou úlohu v regulaci MAPK/ERK signální kaskády, která ovlivňuje buněčné dělení, diferenciaci a sekreci. Mutace V600E propůjčuje buňkám transformační aktivitu, protože simuluje fosforylaci na T599 a/nebo S602 v aktivační doméně proteinu BRAF. Díky tomu zůstává protein BRAF permanentně v aktivním stavu, bez ohledu na signalizaci RAS. V naší laboratoři provádíme vyšetření části exonu 15 se zaměřením na detekci mutací v kodonech V600 a K601.

2. vyšetření, materiál, metody:

vyšetřenímateriálmetody
somatické mutace malého rozsahu v kodonech 600 a 601 v exonu 15 genu KRASfixovaná nádorová tkáňPCR a přímé sekvenování exonů 2, 3 a 4
reverzní hybridizace (StripAssay, ViennaLab)
Sekvenování nové generace (NGS)

3. odběr, uskladnění a transport materiálu:

materiálodběrová zkumavka / fixacemnožství odebraného materiáluskladování zkumavky před odběremskladování zkumavky po odběrumax. čas do transportupoznámky
fixovaná tkáňFFPE *-------pokojová teplotapokojová teplotaneomezeně
* FFPE ("Formalin fixed paraffin embedded tissue"), tj. fixace v 10% pufrovaném formalinu
pozn: transport materiálu z Vaší ambulance k nám zajistí naše laboratoř, kontaktní osoba: Monika Šedivcová, tel: +420 602 595 118, sedivcova@biopticka.cz

4. klinická senzitivita:

Mutace V600E genu BRAF byla nalezena u různých druhů nádorů, např. u melanomu (70%), karcinomu kolorekta (30%), vaječníků (30%) a štítné žlázy (50%).

5. analytická senzitivita a specifita:

Analytická senzitivita a specifita Sangerova sekvenování: 99%

Analytická senzitivita reverzní hybridizace:

Analytická senzitivita NGS:

6. limitace vyšetření:

Mutace hluboko v intronových a regulačních sekvencích nebudou zachyceny. Delece a duplikace velkého rozsahu nebudou zachyceny. Vzácné polymorfismy v místě nasedání primerů nebo prob mohou způsobit diagnostickou chybu. V případě analýzy somatických mutací sekvenováním nebudou mutace zachyceny, pokud alterovaná buněčná linie nebude zastoupena alespoň ve 20% buněk, nebo v 5% buněk v případě NGS.

7. reference

  • Davies H. et al. Mutations of the BRAF gene in human cancer. Nature. 2002 ; 417 (6892) : 949-954.