onemocnění: gastrointestinální stromální tumory (GIST) a další

Mutace genu CTNNB1 bývají nalezeny u kolorektálního karcinomu, hepatocelulárního karcinomu, hepatoblastomu, meduloblastomu a karcinomu vaječníků.

1. vyšetřovaný gen: CTNNB1 ("cadherin-associated protein beta 1")

Gen pro β-catenin kóduje multifunkční protein, který se účastní Ca2+ závislé mezibuněčné adheze. Ztráta nebo porušení β-cateninu má za následek porušení normální adhezní vazby buněk. Dále β-catenin funguje jako transkripční faktor ve Wnt/Wingless signální dráze a účastní se tak aktivace buněčné proliferace a některých dalších buněčných procesů.

2. vyšetření, materiál, metody:

vyšetřenímateriálmetody
somatické mutace malého rozsahu v genu CTNNB1fixovaná nádorová tkáňPCR a přímé sekvenování celé kódující oblasti genu CTNNB1, alt. sekvenování nové generace (NGS)

3. odběr, uskladnění a transport materiálu:

materiálodběrová zkumavka / fixacemnožství odebraného materiáluskladování zkumavky před odběremskladování zkumavky po odběrumax. čas do transportupoznámky
fixovaná tkáňFFPE *-------pokojová teplotapokojová teplotaneomezeně
* FFPE ("Formalin fixed paraffin embedded tissue"), tj. fixace v 10% pufrovaném formalinu
pozn: transport materiálu z Vaší ambulance k nám zajistí naše laboratoř, kontaktní osoba: Monika Šedivcová, tel: +420 602 595 118, sedivcova@biopticka.cz

4. klinická senzitivita:

Mutace genu CTNNB1 bývají nalezeny u 5-20% případů kolorektálního karcinomu, až u 30% případů hepatocelulárního karcinomu, až u 70% hepatoblastomu a zhruba u 20% případů karcinomu vaječníků.

5. analytická senzitivita a specifita:

Analytická senzitivita a specifita Sangerova sekvenování: 99%

6. limitace vyšetření:

Mutace hluboko v intronových a regulačních sekvencích nebudou zachyceny. Delece a duplikace velkého rozsahu nebudou zachyceny. Vzácné polymorfismy v místě nasedání primerů nebo prob mohou způsobit diagnostickou chybu. V případě analýzy somatických mutací sekvenováním nebudou mutace zachyceny, pokud alterovaná buněčná linie nebude zastoupena alespoň ve 20 % buněk, nebo v 5% buněk v případě NGS.

7. akreditace a kvalita:

Sangerovo sekvenování APC: ISO 15189

U zmíněných testů provádíme interní validace s ohledem na doporučení k ISO 15189.

8. reference

  • Koch A, Denkhaus D, Albrecht S, Leuschner I, von Schweinitz D, Pietsch T. Childhood hepatoblastomas frequently carry a mutated degradation targeting box of the beta-catenin gene. Cancer Res. 1999;59(2):269-73.
  • Akiyama T. Wnt/beta-catenin signaling. Cytokine Growth Factor Rev. 2000;11(4):273-82.
  • Daniels DL, Eklof Spink K, Weis WI. β-catenin: molecular plasticity and drug design. Trends Biochem Sci. 2001;26(11):672-8.
  • Abraham SC, Klimstra DS, Wilentz RE, et al. Solid-pseudopapillary tumors of the pancreas are genetically distinct from pancreatic ductal adenocarcinomas and almost always harbor β-catenin mutations. Am J Pathol 2002;160:1361-1369.