onemocnění: Ewingův sarkom (ES), primitivní neuroektodermální tumory (PNET), desmoplastický kulatobuněčný tumor (DSRCT), světlobuněčný sarkom měkkých tkání (CCSSP), angiomatoidní fibrózní histiocytom (AFM) a další

1. vyšetřovaný gen: EWSR1 ("Ewing sarcoma breakpoint region 1"), alt. název: EWS

Gen EWSR1 kóduje aktivátor transkripce, který se váže na RNA. U Ewingova sarkomu dochází k translokaci genu EWSR1 a k jeho fúzi s některým genů z ETS rodiny ( nejčastěji FLI1 a ERG, méně často ETV1, ETV4 a FEV). Fúzní protein obsahuje EWSR1 transkripci aktivující doménu a ETS DNA vazebnou doménu, je vysoce onkogenní a aktivuje transkripci řady genů. Přítomnost fúze EWSR1/ETS slouží jako marker ES a PNET. Dalšími fúzními partnery genu EWRS1 jsou např. geny WT1 (DSRCT), ATF1 a CREB1 (CCSSP a AFM) a jiné.

2. vyšetření, materiál, metody:

vyšetřenímateriálmetody
zlom genu EWSR1fixovaná nádorová tkáňfluorescenční in situ hybridizace (FISH) - "break-apart" sonda
fúze genů EWSR1/ERGfixovaná nádorová tkáňfluorescenční in situ hybridizace (FISH) - fúzní sonda

3. odběr, uskladnění a transport materiálu:

materiálfixacemnožství odebraného materiáluskladování před odběremskladování po odběrumax. čas do transportupoznámky
fixovaná tkáňFFPE *-------pokojová teplotapokojová teplotaneomezeně
* FFPE ("Formalin fixed paraffin embedded tissue"), tj. fixace v 10% pufrovaném formalinu
pozn: transport materiálu z Vaší ambulance k nám zajistí naše laboratoř, kontaktní osoba: Petr Grossmann, tel: +420 731 169 303, grossmann@biopticka.cz

4. klinická senzitivita:

Translokace genu EWSR1 byvá nalezena u 90-95% případů Ewingova sakomu a PNET.

5. limitace vyšetření:

Pro vyšetření je nutné, aby preparát obsahoval alespoň 50 hodnotitelných nádorových jader (pokud výrobce sondy nestanoví jinak). Hodnota "cut-off" je pro sondy typu "break appart" 10%, pro fúzní sondy 20%, pro enumeračních sondy 45% pro monosomie a 10% pro polysomie (pokud výrobce sondy nestanoví jinak).

6. reference

  • Erkizan HV. et al. Oncogenic partnerships: EWS-FLI1 protein interactions initiate key pathways of Ewing's sarcoma. Clin Cancer Res. 2010 Aug 15;16(16):4077-83.