onemocnění: Costellův syndrom a různé typy rakoviny

Mutace tohoto genu se vyskytují u Costello syndromu a u různých typů rakovin (např. karcinomy žaludku, močového měchýře, prostaty, kůže, štítné žlázy, prsu, hlavy a krku, dělohy). Například u Spitzova tumoru je nosičství mutace HRAS spojeno s pozitivní prognózou.

1. vyšetřovaný gen: HRAS ("Harvey rat sarcoma viral oncogene homolog")

Gen HRAS patří do rodiny onkogenů RAS a kóduje protein s GTPázovou aktivitou. Protein prochází cyklem de- a re- palmitoylace která reguluje jeho přemisťování mezi plazmatickou membránou a Golgiho aparátem.

2. vyšetření, materiál, metody:

vyšetřenímateriálmetody
somatické mutace malého rozsahu genu HRASfixovaná nádorová tkáňPCR a přímé sekvenování kódujících oblastí všech exonů a přilehlých částí intronů, alt. Sekvenování nové generace (NGS)

3. odběr, uskladnění a transport materiálu:

materiálodběrová zkumavka / fixacemnožství odebraného materiáluskladování zkumavky před odběremskladování zkumavky po odběrumax. čas do transportupoznámky
fixovaná tkáňFFPE *-------pokojová teplotapokojová teplotaneomezeně
* FFPE ("Formalin fixed paraffin embedded tissue"), tj. fixace v 10% pufrovaném formalinu
pozn: transport materiálu z Vaší ambulance k nám zajistí naše laboratoř, kontaktní osoba: Monika Šedivcová, tel: +420 602 595 118, sedivcova@biopticka.cz

4. klinická senzitivita:

Bodové mutace genu NRAS byly nalezeny u různých druhů nádorů, např. u karcinomu žaludku (až 40%), močového měchýře (až 65%), prostaty (až 10%), kůže (až 45%), štítné žlázy (až 60%), prsu (až 10%), hlavy a krku (až 30%) a dělohy (5%).

5. analytická senzitivita a specifita:

Analytická senzitivita a specifita Sangerova sekvenování: 99%

Analytická senzitivita NGS:

6. limitace vyšetření:

Mutace hluboko v intronových a regulačních sekvencích nebudou zachyceny. Delece a duplikace velkého rozsahu nebudou zachyceny. Vzácné polymorfismy v místě nasedání primerů nebo prob mohou způsobit diagnostickou chybu. V případě analýzy somatických mutací sekvenováním nebudou mutace zachyceny, pokud alterovaná buněčná linie nebude zastoupena alespoň ve 20 % buněk, nebo v 5% buněk v případě NGS.

7. reference

  • van Engen-van Grunsven AC, van Dijk MC, Ruiter DJ, Klaasen A, Mooi WJ, Blokx WA. HRAS-mutated Spitz tumors: A subtype of Spitz tumors with distinct features. Am J Surg Pathol. 2010 Oct;34(10):1436-41.
  • Rauen KA. HRAS and the Costello syndrome. Clin Genet. 2007 Feb;71(2):101-8. Review.
  • Knobbe CB, Reifenberger J, Reifenberger G. Mutation analysis of the Ras pathway genes NRAS, HRAS, KRAS and BRAF in glioblastomas. Acta Neuropathol. 2004 Dec;108(6):467-70.