onemocnění: lymfomy a leukemie

Somatická mutace c. 1849 G>T genu JAK2 (Janusova kináza 2) je asociována s myeloproliferativími onemocněními, které vycházejí z multipotentní kmenové krvetvorné buňky. Do této skupiny jsou zahrnuty Polycytemia vera (PV), esenciální trombocytémie (ET), idiopatická myelofibróza (IMF) a chronická myeloidní leukemie (CML). Uvedená mutace je využívána často jako diagnostický prostředek k vyloučení sekundárních trombocytemií a erytrocytóz.

1. vyšetřovaný gen: JAK2 ("janus kinase 2")

Gen JAK2 kóduje tyrosinovou kinázu, která interaguje s intracelulární doménou receptorů hematopoetických růstových faktorů a přenáší signál na další intracelulární signální molekuly. Aktivační mutace V617F způsobuje porušení autoinhibiční aktivity.

2. vyšetření, materiál, metody:

Vyšetření germinálních mutací JAK2 genu musí indikovat klinický genetik po provedení klinického vyšetření pacienta.

vyšetřenímateriálmetody
přítomnost mutace c. 1849 G>T genu JAK2fixovaná nádorová tkáňperiferní krev pro izolaci gDNA AS-PCR a přímé sekvenování

3. odběr, uskladnění a transport materiálu:

materiálodběrová zkumavka / fixacemnožství odebraného materiáluskladování zkumavky před odběremskladování zkumavky po odběrumax. čas do transportupoznámky
fixovaná tkáňFFPE *-------pokojová teplotapokojová teplotaneomezeně
periferní krev pro izolaci gDNAvakueta s EDTA1mLpokojová teplota2-8°C7 dní
vakueta Streck **
"Cell-Free DNA BCT®"
8mL/2mLpokojová teplotapokojová teplota14 dnípo odběru vakuetu 10x otočit tam a zpět
* FFPE ("Formalin fixed paraffin embedded tissue"), tj. fixace v 10% pufrovaném formalinu
** vakuetu Vám dodá naše laboratoř
pozn: transport materiálu z Vaší ambulance k nám zajistí naše laboratoř, kontaktní osoba: Monika Šedivcová, tel: +420 602 595 118, sedivcova@biopticka.cz

4. klinická senzitivita:

Mutace V617F genu JAK2 bývá nalezena u více než 50% pacientů a mieloproliferativními onemocněními.

5. analytická senzitivita a specifita:

Analytická senzitivita a specifita Sangerova sekvenování: 99%

6. limitace vyšetření:

Mutace hluboko v intronových a regulačních sekvencích nebudou zachyceny. Delece a duplikace velkého rozsahu nebudou zachyceny. Vzácné polymorfismy v místě nasedání primerů nebo prob mohou způsobit diagnostickou chybu. V případě analýzy somatických mutací sekvenováním nebudou mutace zachyceny, pokud alterovaná buněčná linie nebude zastoupena alespoň ve 20% buněk, nebo v 5% buněk v případě NGS.

7. akreditace a kvalita:

Sangerovo sekvenování APC: ISO 15189

U zmíněných testů provádíme interní validace s ohledem na doporučení k ISO 15189.

8. reference

  • Jones, A.V. et col: Widespread occurrence of the JAK2 V617F mutation in chronic myeloproliferative disorders, Blood 2005 Sep;6: 2162-8.