onemocnění: hereditární papilární renální karcinom (HPRC, Hereditary papillary renal cell carcinoma - HPRCC)

Hereditární papilární renální karcinom je vzácné dědičné metabolické onemocnění charakterizované zvýšeným rizikem výskytu mnohočetných nádorů obou ledvin. Dědičnost tohoto onemocnění je autosomálně dominantní a jeho příčinou jsou zárodečné aktivační mutace v genu MET. Většina zárodečných mutací genu MET leží v tyrosin-kynázové doméně (Miller et al 2001) a vedou k aktivaci receptoru MET i v nepřítomnosti ligandu. Méně často jsou nalezeny mutace v doméně vázající ATP (Lorenzato et al 2002).

pozn: zárodečné mutace genu MET byly nalezeny i u pacientů s jinýmy druhy nádorových onemocnění, například s rakovinou kolorekta (Neklason et al 2011), plic (Krishnaswamy et al. 2009) a žaludku (Kim et al 2003).

1. vyšetřovaný gen: MET

Proto-onkogen MET kóduje tyrosin kinázový receptor na který navazují buněčné signální dráhy řídící dělení, morfogenezi a přežívání buněk, také schopnost jejich migrace a invaze. Receptor MET je důžitý během embryogeneze, u dospělých je pak jeho exprese omezena na kmenové a progenitorové buňky, a je nezbytná pro hojení ran a regeneraci hepatocytů.

2. vyšetření, materiál, metody:

Vyšetření germinálních mutací genu MET musí indikovat klinický genetik po provedení klinického vyšetření pacienta.

vyšetřenímateriálmetody
germinální mutace malého rozsahu v genu METperiferní krev pro izolaci gDNAPCR a přímé sekvenování kódujících oblastí všech exonů a přilehlých částí intronů, alt. Sekvenování nové generace (NGS)

3. odběr, uskladnění a transport materiálu:

materiálodběrová zkumavka / fixacemnožství odebraného materiáluskladování zkumavky před odběremskladování zkumavky po odběrumax. čas do transportupoznámky
periferní krev pro izolaci gDNAvakueta s EDTA1mLpokojová teplota2-8°C7 dní
vakueta Streck **
"Cell-Free DNA BCT®"
8mL/2mLpokojová teplotapokojová teplota14 dnípo odběru vakuetu 10x otočit tam a zpět
** vakuetu Vám dodá naše laboratoř
pozn: transport materiálu z Vaší ambulance k nám zajistí naše laboratoř, kontaktní osoba: Monika Šedivcová, tel: +420 737 220 498, sedivcova@medima.cz

4. klinická senzitivita:

Mutace v genu MET bývjí nalezeny u většiny případů HPRC (Schmid et al 1997). Přímým sekvenováním (všech exonů a přilehlých intronových úseků) genu MET jsme schopni zachytit cca 93% známých mutací tohoto genu.

5. analytická senzitivita a specifita:

Analytická senzitivita a specifita Sangerova sekvenování: 99%

Analytická senzitivita a specifita NGS: ..........

6. limitace vyšetření:

Mutace hluboko v intronových a regulačních sekvencích nebudou zachyceny. Vzácné polymorfismy v místě nasedání primerů nebo prob mohou způsobit diagnostickou chybu. V případě analýzy somatických mutací sekvenováním nebudou mutace zachyceny, pokud alterovaná buněčná linie nebude zastoupena alespoň ve 20% buněk, nebo v 5% buněk v případě NGS.

7. akreditace a kvalita:

Sangerovo sekvenování APC: ISO 15189

NGS:

U zmíněných testů provádíme interní validace s ohledem na doporučení k ISO 15189.

8. reference

  • Kim IJ. et al.A novel germline mutation in the MET extracellular domain in a Korean patient with the diffuse type of familial gastric cancer. Med Genet. 2003 Aug;40(8):e97.
  • Krishnaswamy S. et al. Ethnic differences and functional analysis of MET mutations in lung cancer. Clin Cancer Res. 2009 Sep 15;15(18):5714-23.
  • Lorenzato A. et al. Novel somatic mutations of the MET oncogene in human carcinoma metastases activating cell motility and invasion. Cancer Res. 2002 Dec 1;62(23):7025-30.
  • Miller M. et al. Structural basis of oncogenic activation caused by point mutations in the kinase domain of the MET proto-oncogene: modeling studies. Proteins. 2001 Jul 1;44(1):32-43.
  • Neklason DW, Done MW, Sargent NR, et al. Activating mutation in MET oncogene in familial colorectal cancer. BMC Cancer. 2011;11:424.
  • Schmidt LS. et al. Germline and somatic mutations in the tyrosine kinase domain of the MET protooncogene in papillary renal carcinomas. Nat. Genet., 16: 68–73, 1997.
  • Schmidt LS. et al. Novel mutations of the MET proto-oncogene in papillary renal carcinomas. Oncogene 1999 Apr 8;18(14):2343–50.