onemocnění: neurofibromatóza typu 2

Neurofibromatóza typu 2 je syndrom vedoucí k rozvoji nádorů v oblasti nervového systému (symetrické benigní nádory mozku, poruchy sluchu). Onemocnění je způsobeno inaktivačními mutacemi v genu NF2 a jeho dědičnost je autozomálně dominantní. Pacienti s "missense" mutacemi mívají mírnější průběh onemocnění a lepší prognózu než pacienti s "frameshift" a "nonsense" mutacemi a velkými delecemi. Polovina případů s mutaci v NF2 bývá zděděná, druhá polovina vzniká de novo (mozaika).

1. vyšetřovaný gen: NF2 ("High iron Fe")

NF2 je tumor supresorový gen který kódující protein schwannomin (také zvaný Merlin či Neurofibromin), který je součást cytoskeletu, funguje jako negativní růstový regulátor a nachází se především v nervové tkáni.

2. vyšetření, materiál, metody:

Vyšetření germinálních mutací NF2 genu musí indikovat klinický genetik po provedení klinického vyšetření pacienta.

vyšetřenímateriálmetody
germinální mutace malého rozsahu v genu NF2periferní krev pro izolaci gDNAPCR a přímé sekvenování kódujících oblastí všech exonů a přilehlých částí intronů, alt. Sekvenování nové generace (NGS)
germinální mutace velkého rozsahu v genu NF2periferní krev pro izolaci gDNAMLPA test P044, fragmentační analýza, alt. Sekvenování nové generace (NGS)

3. odběr, uskladnění a transport materiálu:

materiálodběrová zkumavka / fixacemnožství odebraného materiáluskladování zkumavky před odběremskladování zkumavky po odběrumax. čas do transportupoznámky
periferní krev pro izolaci gDNAvakueta s EDTA1mLpokojová teplota2-8°C7 dní
vakueta Streck **
"Cell-Free DNA BCT®"
8mL/2mLpokojová teplotapokojová teplota14 dnípo odběru vakuetu 10x otočit tam a zpět
** vakuetu Vám dodá naše laboratoř
pozn: transport materiálu z Vaší ambulance k nám zajistí naše laboratoř, kontaktní osoba: Petr Grossmann, tel: +420 731 169 303, grossmann@biopticka.cz

4. klinická senzitivita:

Mutace v genu NF2 se vyskytuje zhruba u 84% případů neurofibromatózy (Zucman-Rossi 1998). Kombinací přímého sekvenování gDNA (všech exonů a přilehlých intronových úseků) a MLPA-mP044 testu jsme schopni zachytit zhruba 98 % známých mutací genu NF2.

5. analytická senzitivita a specifita:

Analytická senzitivita a specifita Sangerova sekvenování: 99%

Analytická senzitivita MLPA 90%, specifita 98%

Analytická senzitivita a specifita NGS: ..........

6. limitace vyšetření:

Mutace hluboko v intronových a regulačních sekvencích nebudou zachyceny. Vzácné polymorfismy v místě nasedání primerů nebo prob mohou způsobit diagnostickou chybu. V případě analýzy somatických mutací sekvenováním nebudou mutace zachyceny, pokud alterovaná buněčná linie nebude zastoupena alespoň ve 20% buněk, nebo v 5% buněk v případě NGS.

7. akreditace a kvalita:

Sangerovo sekvenování APC: ISO 15189

MLPA testy: P044 - RUO

NGS:

U zmíněných testů provádíme interní validace s ohledem na doporučení k ISO 15189.

8. reference

  • Zucman-Rossi J. et al. NF2 gene in neurofibromatosis type 2 patients. Hum. Molec. Genet. 7: 2095-2101, 1998.