onemocnění: gastrointestinální stromální tumory (GIST) a další

Bodové mutace genu NRAS byly nalezeny u různých druhů nádorů, např. u melanomu (13-25%), kolorektálního karcinomu (1-6%), karcinomu plic (1%), hepatocelulárního karcinomu (10%) a karcinomu štítné žlázy (7%).

1. vyšetřovaný gen: NRAS ("neuroblastoma RAS viral oncogene homolog")

Je součástí rodiny RAS genů, které kódují proteiny zapojené do přenosu signálů v buňkách, podílí se na regulaci buněčného růstu. Hraje ústřední roli v MAPK signální dráze. Provádíme vyšetření genu NRAS se zaměřením na detekci aktivačních mutací v exonu 2 (kodony 12, 13), exonu 3 (kodony 59, 60, 61) a exonu 4 (kodon 146).

2. vyšetření, materiál, metody:

vyšetřenímateriálmetody
somatické mutace malého rozsahu v exonech 2, 3 a 4 genu NRASfixovaná nádorová tkáňPCR a přímé sekvenování exonů 2, 3 a 4
reverzní hybridizace (StripAssay, ViennaLab)
Sekvenování nové generace (NGS)

3. odběr, uskladnění a transport materiálu:

materiálodběrová zkumavka / fixacemnožství odebraného materiáluskladování zkumavky před odběremskladování zkumavky po odběrumax. čas do transportupoznámky
fixovaná tkáňFFPE *-------pokojová teplotapokojová teplotaneomezeně
* FFPE ("Formalin fixed paraffin embedded tissue"), tj. fixace v 10% pufrovaném formalinu
pozn: transport materiálu z Vaší ambulance k nám zajistí naše laboratoř, kontaktní osoba: Monika Šedivcová, tel: +420 602 595 118, sedivcova@biopticka.cz

4. klinická senzitivita:

Bodové mutace genu NRAS byly nalezeny u různých druhů nádorů, např. u melanomu (13-25%), kolorektálního karcinomu (1-6%), karcinomu plic (1%), hepatocelulárního karcinomu (10%) a karcinomu štítné žlázy (7%).

5. analytická senzitivita a specifita:

Analytická senzitivita a specifita Sangerova sekvenování: 99%

Analytická senzitivita reverzní hybridizace:

Analytická senzitivita NGS:

6. limitace vyšetření:

Mutace hluboko v intronových a regulačních sekvencích nebudou zachyceny. Delece a duplikace velkého rozsahu nebudou zachyceny. Vzácné polymorfismy v místě nasedání primerů nebo prob mohou způsobit diagnostickou chybu. V případě analýzy somatických mutací sekvenováním nebudou mutace zachyceny, pokud alterovaná buněčná linie nebude zastoupena alespoň ve 20% buněk, nebo v 5% buněk v případě NGS.

7. reference

  • Young A, Lou D, McCormick F.Oncogenic and wild-type Ras play divergent roles in the regulation of mitogen-activated protein kinase signaling. Cancer Discov. 2013 Jan;3(1):112-23.
  • Yufang W, Sérgia V, Efsevia V, Shouyong Peng, Adam JB, Gerald CC. Mutant N-RAS Protects Colorectal Cancer Cells from Stress-Induced Apoptosis and Contributes to Cancer Development and Progression. Cancer Discovery March 2013 3;294.
  • De Roock W, Claes B, Bernasconi D, De Schutter J, Biesmans B, Fountzilas G,et al. Effects of KRAS, BRAF, NRAS, and PIK3CA mutations on the efficacy of cetuximab plus chemotherapy in chemotherapy-refractory metastatic colorectal cancer: a retrospective consortium analysis.Lancet Oncol. 2010 Aug;11(8):753-62.
  • Cecily P. Vaughn, Scott D. ZoBell, Larissa V. Furtado, Christine L. Baker, Wade S. Samowitz. Frequency of KRAS, BRAF, and NRAS mutations in colorectal cancer. Article first published online: 8 FEB 2011. DOI: 10.1002/gcc.20854