onemocnění: gastrointestinální stromální tumory (GIST) a další

Kromě tumorů GIST mutace genu PDGFRA přispívají i ke vzniku onemocnění jako jsou např. ateroskleróza, fibrotické onemocnění, akutní myeloidní leukemie, mastocytóza, synoviální sarkom, glioblastom, melanom a další. Nejčastěji se jedná o aktivační „missense“ mutace.

Pozn: protein PDGFR je in vitro selektivně inhibován imatinib mesylátem (STI 571, Glivec). Informace o odpovědi na léčbu Glivecem u pacientů s GIST a s mutacemi genu PDGFRA jsou však zatím předmětem dalšího studia.

1. vyšetřovaný gen: PDGFRA ("platelet-derived growth factor receptor, alpha polypeptide")

Proto-onkogen PDGFRA, lokalizovaný na chromozómu 4 v oblasti q12, kóduje alfa podjednotku receptor tyrozin kinázy PDGF, jež, stejně jako gen c-kit, náleží do podskupiny III protein tyrozin kinázové rodiny. Hlavní funkcí proteinu PDGFR je zprostředkování proliferace a diferenciace gliových a mesenchymálních buněk.

2. vyšetření, materiál, metody:

Vyšetření germinálních mutací PDGFRA genu musí indikovat klinický genetik po provedení klinického vyšetření pacienta.

vyšetřenímateriálmetody
somatické a germinální mutace malého rozsahu v genu PDGFRAfixovaná nádorová tkáň
periferní krev pro izolaci gDNA
PCR a přímé sekvenování kódujících oblastí exonů 12, 14 a 18

3. odběr, uskladnění a transport materiálu:

materiálodběrová zkumavka / fixacemnožství odebraného materiáluskladování zkumavky před odběremskladování zkumavky po odběrumax. čas do transportupoznámky
fixovaná tkáňFFPE *-------pokojová teplotapokojová teplotaneomezeně
periferní krev pro izolaci gDNAvakueta s EDTA1mLpokojová teplota2-8°C7 dní
vakueta Streck **
"Cell-Free DNA BCT®"
8mL/2mLpokojová teplotapokojová teplota14 dnípo odběru vakuetu 10x otočit tam a zpět
* FFPE ("Formalin fixed paraffin embedded tissue"), tj. fixace v 10% pufrovaném formalinu
** vakuetu Vám dodá naše laboratoř
pozn: transport materiálu z Vaší ambulance k nám zajistí naše laboratoř, kontaktní osoba: Monika Šedivcová, tel: +420 602 595 118, sedivcova@biopticka.cz

4. klinická senzitivita:

V roce 2003 Heinrich a kol. nalezli aktivační mutace v exonech 12 a 18 genu PDGFRA asi u 35% pacientů s gastrointestinálními stromálními tumory (GIST), u nichž nebyla nalezena mutace genu c-kit.

5. analytická senzitivita a specifita:

Analytická senzitivita a specifita Sangerova sekvenování: 99%

6. limitace vyšetření:

Mutace hluboko v intronových a regulačních sekvencích nebudou zachyceny. Delece a duplikace velkého rozsahu nebudou zachyceny. Vzácné polymorfismy v místě nasedání primerů nebo prob mohou způsobit diagnostickou chybu. V případě analýzy somatických mutací sekvenováním nebudou mutace zachyceny, pokud alterovaná buněčná linie nebude zastoupena alespoň ve 20% buněk, nebo v 5% buněk v případě NGS.

7. akreditace a kvalita:

Sangerovo sekvenování APC: ISO 15189

U zmíněných testů provádíme interní validace s ohledem na doporučení k ISO 15189.

8. reference

  • Kawagishi J, Kumabe T, Yoshimoto T, Yamamoto T. Structure, organization, and transcription units of the human alpha-platelet-derived growth factor receptor gene, PDGFRA. Genomics. 1995;30(2):224-32.
  • Heinrich MC, Corless CL, Duensing A, McGreevey L, Chen CJ, Joseph N, Singer S, Griffith DJ, Haley A, Town A, Demetri GD, Fletcher CD, Fletcher JA. PDGFRA activating mutations in gastrointestinal stromal tumors. Science. 2003;299(5607):708-10.
  • Heinrich MC, Corless CL, Demetri GD, Blanke CD, von Mehren M, Joensuu H, McGreevey LS, Chen CJ, Van den Abbeele AD, Druker BJ, Kiese B, Eisenberg B, Roberts PJ, Singer S, Fletcher CD, Silberman S, Dimitrijevic S, Fletcher JA. Kinase mutations and imatinib response in patients with metastatic gastrointestinal stromal tumor. J Clin Oncol. 2003;21(23):4342-9.
  • Chompret A, Kannengiesser C, Barrois M, Terrier P, Dahan P, Tursz T, Lenoir GM, Bressac-De Paillerets B. PDGFRA germline mutation in a family with multiple cases of gastrointestinal stromal tumor. Gastroenterology. 2004 Jan;126(1):318-21.