onemocnění: Carneyho komplex (CNC)

Carneyho komplex je syndrom charakteristický výskytem mnohočetných neoplázií. Typickými znaky jsou pigmentové skvrny na kůži a sliznicích, myxomy kůže, srdce a prsu, endokrinní tumory a zvýšená endokrinní aktivita. Jedná se o geneticky heterogenní onemocnění, u kterého je asi 60-70% případů způsobeno mutacemi v gen PRKAR1A, u zbylých případů není dosud zodpovědný gen znám (Bertherat et al 2009). Dědičnost CNC je autosomálně dominantní. Spektrum mutací genu PRKAR1A je široké, bývají nalezeny i velké delece (Salpea et al 2014).

1. vyšetřovaný gen: PRKAR1A ("Protein Kinase cAMP-Dependent Regulatory Type I Alpha")

Gen PRKAR1A kóduje regulační podjednotku cAMP-dependent protein kinázy A, která je významnou efektorovou molekulou v mnohých endokrinních signálních drahách.

2. vyšetření, materiál, metody:

Vyšetření germinálních mutací genu PRKAR1A musí indikovat klinický genetik po provedení klinického vyšetření pacienta.

vyšetřenímateriálmetody
germinální mutace malého rozsahu v genu NF2periferní krev pro izolaci gDNAPCR a přímé sekvenování kódujících oblastí všech exonů a přilehlých částí intronů, alt. Sekvenování nové generace (NGS)

3. odběr, uskladnění a transport materiálu:

materiálodběrová zkumavka / fixacemnožství odebraného materiáluskladování zkumavky před odběremskladování zkumavky po odběrumax. čas do transportupoznámky
periferní krev pro izolaci gDNAvakueta s EDTA1mLpokojová teplota2-8°C7 dní
vakueta Streck **
"Cell-Free DNA BCT®"
8mL/2mLpokojová teplotapokojová teplota14 dnípo odběru vakuetu 10x otočit tam a zpět
** vakuetu Vám dodá naše laboratoř
pozn: transport materiálu z Vaší ambulance k nám zajistí naše laboratoř, kontaktní osoba: Petr Grossmann, tel: +420 ..............., grossmann@biopticka.cz

4. klinická senzitivita:

Mutace v genu PRKAR1A se vyskytuje zhruba u 60-70% případů Carneyho komplexu (Bertherat et al 2009). Přímým sekvenováním (všech exonů a přilehlých intronových úseků) genu PRKAR1A jsme schopni zachytit cca 95% známých mutací tohoto genu.

5. analytická senzitivita a specifita:

Analytická senzitivita a specifita Sangerova sekvenování: 99%

Analytická senzitivita a specifita NGS: ..........

6. limitace vyšetření:

Mutace hluboko v intronových a regulačních sekvencích nebudou zachyceny. Vzácné polymorfismy v místě nasedání primerů nebo prob mohou způsobit diagnostickou chybu. V případě analýzy somatických mutací sekvenováním nebudou mutace zachyceny, pokud alterovaná buněčná linie nebude zastoupena alespoň ve 20% buněk, nebo v 5% buněk v případě NGS.

7. akreditace a kvalita:

Sangerovo sekvenování APC: ISO 15189

NGS:

U zmíněných testů provádíme interní validace s ohledem na doporučení k ISO 15189.

8. reference

  • Bertherat J et al. Mutations in regulatory subunit type 1A of cyclic adenosine 5'-monophosphate-dependent protein kinase (PRKAR1A): phenotype analysis in 353 patients and 80 different genotypes. J Clin Endocrinol Metab. 2009;94:2085–91.
  • Salpea P, Horvath A, London E, et al. Deletions of the PRKAR1A Locus at 17q24.2-q24.3 in Carney Complex: Genotype-Phenotype Correlations and Implications for Genetic Testing. The Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism. 2014;99(1):E183-E188.