onemocnění: Gorlinův syndrom, aka "Basal Cell Nevus Syndrome" (BCNS), aka "Nevoid basal cell carcinoma syndrome" (NBCCS)

Gorlinův syndrom, též zvaný syndrom bazocelulárního névu, je hereditární syndrom charakterizovaný různými vývojovými anomáliemi a predispozicí k různým karcinomům (např. kožní bazaliomy, keratocysty čelistních kostí, anomálie tvaru žeber). Dědičnost tohoto onemocnění je autosomálně dominantní a jeho příčinou jsou zárodečné inaktivační mutace v genu PTCH. Až u 85% případů se jedná o mutace vedoucí ke vzniku předčasného stop kodonu, "missense" mutace a sestřihové mutace (Klein et al 2005; Marsh et al 2005). Až 21% případů BCNS nese velké delece genu PTCH (Nagao et al 2011). Zhruba 6% případů BCNS je způsobeno mutací v genu SUFU (Smith et al 2014).

1. vyšetřovaný gen: PTCH1 ("Patched 1")

Gen PTCH1 je tumorový supresor a kóduje membránový receptor, který inhibuje signální dráhy důležité pro ranný vývoj embrya (TGF-beta a Wnt), tj. dráhy řídící dělení a růst buněk, specializaci buněk a vývoj tvarů různých částí těla. Navázání ligandu SHH (sonic hedgehog) na receptor PTCH1 tuto inhibici zruší a uvolní tak signální kaskádu. Sekvence genu PTCH1 odpovídá komplexnímu genovému lokusu se složitou regulací transkripce, alternativním sestřihem a několika alternativními exony 1.

2. vyšetření, materiál, metody:

Vyšetření germinálních mutací PTCH1 genu musí indikovat klinický genetik po provedení klinického vyšetření pacienta.

vyšetřenímateriálmetody
germinální mutace malého rozsahu v genu PTCH1periferní krev pro izolaci gDNAPCR a přímé sekvenování kódujících oblastí všech exonů a přilehlých částí intronů, alt. Sekvenování nové generace (NGS)
germinální mutace velkého rozsahu v genu PTCH1periferní krev pro izolaci gDNAMLPA test P067, fragmentační analýza, alt. Sekvenování nové generace (NGS)

3. odběr, uskladnění a transport materiálu:

materiálodběrová zkumavka / fixacemnožství odebraného materiáluskladování zkumavky před odběremskladování zkumavky po odběrumax. čas do transportupoznámky
periferní krev pro izolaci gDNAvakueta s EDTA1mLpokojová teplota2-8°C7 dní
vakueta Streck **
"Cell-Free DNA BCT®"
8mL/2mLpokojová teplotapokojová teplota14 dnípo odběru vakuetu 10x otočit tam a zpět
** vakuetu Vám dodá naše laboratoř
pozn: transport materiálu z Vaší ambulance k nám zajistí naše laboratoř, kontaktní osoba: Petr Grossmann, tel: +420 731 169 303, grossmann@biopticka.cz

4. klinická senzitivita:

Mutace v genu PTCH1 bývá nalezena u 60-90% případů BCNS (Bholah et al 2014). Kombinací přímého sekvenování gDNA (všech exonů a přilehlých intronových úseků) a MLPA P067 testu jsme schopni zachytit zhruba 96% známých mutací genu PTCH1.

5. analytická senzitivita a specifita:

Analytická senzitivita a specifita Sangerova sekvenování: 99%

Analytická senzitivita MLPA 90%, specifita 98%

Analytická senzitivita a specifita NGS: ..........

6. limitace vyšetření:

Mutace hluboko v intronových a regulačních sekvencích nebudou zachyceny. Vzácné polymorfismy v místě nasedání primerů nebo prob mohou způsobit diagnostickou chybu. V případě analýzy somatických mutací sekvenováním nebudou mutace zachyceny, pokud alterovaná buněčná linie nebude zastoupena alespoň ve 20% buněk, nebo v 5% buněk v případě NGS.

7. akreditace a kvalita:

Sangerovo sekvenování APC: ISO 15189

MLPA testy: P067 - RUO

NGS:

U zmíněných testů provádíme interní validace s ohledem na doporučení k ISO 15189.

8. reference

  • Bholah Z, Smith MJ, Byers HJ, Miles EK, Evans DG, Newman WG. Intronic splicing mutations in PTCH1 cause Gorlin syndrome. Fam Cancer. 2014;13:477–80.
  • Klein RD, Dykas DJ, Bale AE. Clinical testing for the nevoid basal cell carcinoma syndrome in a DNA diagnostic laboratory. Genet Med. 2005;7:611–9.
  • Marsh A, Wicking C, Wainwright B, Chenevix-Trench G. DHPLC analysis of patients with Nevoid Basal Cell Carcinoma Syndrome reveals novel PTCH missense mutations in the sterol-sensing domain. Hum Mutat. 2005;26:283.
  • Nagao K et al. Entire PTCH1 deletion is a common event in point mutation-negative cases with nevoid basal cell carcinoma syndrome in Japan. Clin Genet. 2011;79:196–8.
  • Smith MJ et al. Germline mutations in SUFU cause Gorlin syndrome-associated childhood medulloblastoma and redefine the risk associated with PTCH1 mutations. J Clin Oncol. 2014;32:4155–61.