onemocnění: autosomálně recesivní kongenitální ichtyózy (ARCI)

Autosomálně recesivní kongenitální ichtyózy (ARCI) jsou velmi vzácná dědičná onemocnění, mezi které patří Lamelární ichtyóza (LI) i Nebulosní kongenitální ichtiosiformní erythroderma (NBCIE).

Lamelární ichtyóza (LI) vede ke vzniku velkých hnědých šupin na většině těla. Její příčinou jsou zárodečné inaktivační bialelické mutace v genu TGM1, které bývají nalezeny až u 90% případů LI (Huber et al 1995, Russell et al 1995).

Nebulosní kongenitální ichtiosiformní erythroderma (NBCIE, CIE) je charakteristická zarudlou kůží (tzv. "erythema") a přítomností manších bílých šupin na kůži. Její nejčastější příčinou jsou zárodečné inaktivační mutace v genech ALOX12B a ALOXE3 (Jobard et al. 2002), méně často v genu TGM1 (Laiho et al 1997, Rodriguez-Pazos et al 2013, Akiyama et al 2001).

1. vyšetřovaný gen: TGM1 (transglutaminázau-1)

Gen TGM1 kóduje membránově vázaný enzym transglutaminázu-1, která katalyzuje zesíťování proteinů a katenaci polyaminů a proteinů. Vytváří se tak zrohovatělý epidermální obal buňky, který funguje jako mechanická bariéra chránící před ztrátou vody a infekcí. Mutace v genu TGM1 vedou ke snížení aktivity enzymu a tím k zeslabení tvorby proteinové a lipidové sítě v rohovějící vrstvě epidermis.

2. vyšetření, materiál, metody:

Vyšetření germinálních mutací genu TGM1 genu musí indikovat klinický genetik po provedení klinického vyšetření pacienta.

vyšetřenímateriálmetody
germinální mutace malého rozsahu v genu TGM1periferní krev pro izolaci gDNAPCR a přímé sekvenování kódujících oblastí všech exonů a přilehlých částí intronů, alt. Sekvenování nové generace (NGS)

3. odběr, uskladnění a transport materiálu:

materiálodběrová zkumavka / fixacemnožství odebraného materiáluskladování zkumavky před odběremskladování zkumavky po odběrumax. čas do transportupoznámky
periferní krev pro izolaci gDNAvakueta s EDTA1mLpokojová teplota2-8°C7 dní
vakueta Streck **
"Cell-Free DNA BCT®"
8mL/2mLpokojová teplotapokojová teplota14 dnípo odběru vakuetu 10x otočit tam a zpět
** vakuetu Vám dodá naše laboratoř
pozn: transport materiálu z Vaší ambulance k nám zajistí naše laboratoř, kontaktní osoba: Petr Martínek, tel: +420 731 433 562, martinek@biopticka.cz

4. klinická senzitivita:

Mutace v genu TGM1 jsou nalézány u 32-84% případů ARCI (Fischer et al 2009; Eckl et al 2009; Farasat et al 2009; Pigg et al 1998). Přímým sekvenováním (všech exonů a přilehlých intronových úseků) genu TGM1 jsme schopni zachytit cca 100% známých mutací tohoto genu.

5. analytická senzitivita a specifita:

Analytická senzitivita a specifita Sangerova sekvenování: 99%

Analytická senzitivita a specifita NGS: ..........

6. limitace vyšetření:

Mutace hluboko v intronových a regulačních sekvencích nebudou zachyceny. Delece a duplikace velkého rozsahu nebudou zachyceny. Vzácné polymorfismy v místě nasedání primerů mohou způsobit diagnostickou chybu. V případě analýzy somatických mutací sekvenováním nebudou mutace zachyceny, pokud alterovaná buněčná linie nebude zastoupena alespoň ve 20% buněk, nebo v 5% buněk v případě NGS.

7. akreditace a kvalita:

Sangerovo sekvenování: ISO 15189

NGS:

U zmíněných testů provádíme interní validace s ohledem na doporučení k ISO 15189.

8. reference

  • Akiyama M, Takizawa Y, Kokaji T, Shimizu H. Novel mutations of TGM1 in a child with congenital ichthyosiform erythroderma. Br J Dermatol. 2001;144:401-7.
  • Eckl KM. et al. Molecular analysis of 250 patients with autosomal recessive congenital ichthyosis: evidence for mutation hotspots in ALOXE3 and allelic heterogeneity in ALOX12B. J Invest Dermatol. 2009;129:1421-8.
  • Farasat S. et al. Novel transglutaminase-1 mutations and genotype-phenotype investigations of 104 patients with autosomal recessive congenital ichthyosis in the USA. J Med Genet. 2009;46:103-11.
  • Fischer J. Autosomal recessive congenital ichthyosis. J Invest Dermatol. 2009;129:1319-21.
  • Huber M. et al. Mutations of keratinocyte transglutaminase in lamellar ichthyosis. Science. 1995;267:525–8.
  • Jobard F. et al. Lipoxygenase-3 (ALOXE3) and 12(R)-lipoxygenase (ALOX12B) are mutated in nonbullous congenital ichthyosiform erythroderma (NCIE) linked to chromosome 17p13.1. 2002 Hum Mol Genet 11:107–13.
  • Pigg M. et al. Strong founder effect for a transglutaminase 1 gene mutation in lamellar ichthyosis and congenital ichthyosiform erythroderma from Norway. Eur J Hum Genet. 1998;6:589-96.
  • Rodríguez-Pazos L, Ginarte M, Vega A, Toribio J. Autosomal recessive congenital ichthyosis. Actas Dermosifiliogr. 2013 May;104(4):270-84.
  • Russell LJ. et al. Mutations in the gene for transglutaminase 1 in autosomal recessive lamellar ichthyosis. Nat Genet. 1995;9:279–83.