onemocnění: "Li-Fraumeni" syndrom (LFS)

"Li-Fraumeni" syndrom je charakterizovaný predispozicí k širokému spektru nádorů, např. sarkomům měkkých tkání a kostí, nádorům prsu, mozkovým nádorům, adrenokortikálním karcinomům a dalším. Dědičnost tohoto onemocnění je autosomálně dominantní a jeho příčinou jsou zárodečné inaktivační mutace v genu TP53. Většinu těchto mutací tvoří "missense" mutace (Malkin 2011), pouze asi 1% představují velké delece (Gonzalez et al 2009b). Frekvence de novo mutací u LFS je 7-20% (Gonzalez et al 2009a).

1. vyšetřovaný gen: TP53 ("Tumor Protein 53")

Gen TP53 je tumorový supresor a kóduje protein který hraje klíčovou roli v regulaci řady genů ovlivňujících proliferaci, apoptózu, reparaci DNA nebo angiogenezi. Mutace v tomto genu vedou k narušení rovnováhy těchto procesů. Většina mutací, které deaktivují p53 způsobují ztrátu schopnosti proteinu vázat se k jeho cílovým DNA sekvencím, a zabrání tak transkripční aktivaci příslušných genů.

2. vyšetření, materiál, metody:

Vyšetření germinálních mutací CDKN2A genu musí indikovat klinický genetik po provedení klinického vyšetření pacienta.

vyšetřenímateriálmetody
germinální mutace malého rozsahu v genu TP53periferní krev pro izolaci gDNAPCR a přímé sekvenování kódujících oblastí všech exonů a přilehlých částí intronů, alt. Sekvenování nové generace (NGS)
germinální mutace velkého rozsahu v genu TP53periferní krev pro izolaci gDNAMLPA test P056, fragmentační analýza, alt. Sekvenování nové generace (NGS)

3. odběr, uskladnění a transport materiálu:

materiálodběrová zkumavka / fixacemnožství odebraného materiáluskladování zkumavky před odběremskladování zkumavky po odběrumax. čas do transportupoznámky
periferní krev pro izolaci gDNAvakueta s EDTA1mLpokojová teplota2-8°C7 dní
vakueta Streck **
"Cell-Free DNA BCT®"
8mL/2mLpokojová teplotapokojová teplota14 dnípo odběru vakuetu 10x otočit tam a zpět
** vakuetu Vám dodá naše laboratoř
pozn: transport materiálu z Vaší ambulance k nám zajistí naše laboratoř, kontaktní osoba: Petr Grossmann, tel: +420 731 169 303, grossmann@biopticka.cz

4. klinická senzitivita:

Mutace v genu TP53 bývá nalezena až u 80% případů s FAMMM (Malkin 2011). Kombinací přímého sekvenování gDNA (všech exonů a přilehlých intronových úseků) a MLPA P056 testu jsme schopni zachytit zhruba 98% známých mutací genu TP53.

5. analytická senzitivita a specifita:

Analytická senzitivita a specifita Sangerova sekvenování: 99%

Analytická senzitivita MLPA 90%, specifita 98%

Analytická senzitivita a specifita NGS: ..........

6. limitace vyšetření:

Mutace hluboko v intronových a regulačních sekvencích nebudou zachyceny. Vzácné polymorfismy v místě nasedání primerů nebo prob mohou způsobit diagnostickou chybu. V případě analýzy somatických mutací sekvenováním nebudou mutace zachyceny, pokud alterovaná buněčná linie nebude zastoupena alespoň ve 20% buněk, nebo v 5% buněk v případě NGS.

7. akreditace a kvalita:

Sangerovo sekvenování APC: ISO 15189

MLPA testy: P056 - RUO

NGS:

U zmíněných testů provádíme interní validace s ohledem na doporučení k ISO 15189.

8. reference

  • Gonzalez KD, Noltner KA, Buzin CH, Gu D, Wen-Fong CY, Nguyen VQ, Han JH, Lowstuter K, Longmate J, Sommer SS, Weitzel JN. Beyond Li-Fraumeni syndrome: Clinical characteristics of families with p53 germline mutations. J Clin Oncol. 2009b;27:1250–6.
  • Malkin D. Li-Fraumeni syndrome. Genes Cancer. 2011;2:475–84.