Služby - Molekulární genetika

Gen ALK kóduje membránový tyrosin kinázový receptor a u člověka je lokalizován na chromozomu 2p23. Protein se skládá z 1620 aminokyselin a vykazuje tkáňově specifickou expresi, zejména v mozku, střevech a varlatech, nikoliv však v lymfocytech. Abnormality v ALK genu jsou po přestavbě T-buněčného receptoru nejčastěji nalézané aberace v T-lymfomech a jsou asociovány s nodálním anaplastickým velkobuněčným lymfomem (ALCL). ALK pozitivita u lymfomů je spojená s lepším přežíváním pacientů. Ve 40% ALCL se vyskytuje translokace t(2;5)(p23;q35), jejímž výsledkem je fúze ALK s jaderným fosfoproteinem (NPM). Tato fúze se vyskytuje v 70-80% ALK pozitivních ALCL. Mezi další časté fúzní partnery ALK patří TPM3, lokalizovaný na 1q21 (10-20% ALK pozitivních ALCL), TFG, lokalizovaný na 3q21 (2-5%), ATIC, lokalizovaný na 2q35 (2-5%), CTLC, lokalizovaný na 17q23 (1-5%), a MSN, lokalizovaný na Xq11-12 (<1%). Všechny tyto přestavby způsobují overexpresi ALK proteinu, která může být detekována RT-PCR a také imunohistochemicky, neboť v lymfatických buňkách se exprese ALK za normálních okolností nevyskytuje. ALK exprese pak může být jaderná a/nebo cytoplazmatická, záleží na fúzním partnerovi. Nejcitlivější způsob detekce ALK přestavby však představuje FISH analýza s break-apart designem sond.

Přestože se abnormální exprese proteinu a genové aberace ALK nejčastěji vyskytují u ALCL, byly popsány i v normální nehematopoetické tkáni, některých vzácných B-lymfomech a v určitých nádorech měkkých tkání, jako např. v inflammatorním myofibroblastickém tumoru.

Naše laboratoř má k dispozici ALK (Anaplastic Lymphoma Kinase) Dual Color, Break Apart Rearrangement sondu od firmy Vysis/Abbott, která je designová jako dvě odlišně značené sondy hybridizující v místě zlomu genu ALK. Dva fúzní žluté signály na jádro reprezentují normální nález. Při zlomu genu ALK a následné translokaci vidíme jeden oranžový, jeden zelený a jeden žlutý signál.

FISH
Při FISH detekujeme pomocí ALK Dual Color, Break Apart Rearrangement Probe firmy Vysis/Abbott zlom genu ALK (tato próba neidentifikuje specifického translokačního partnera). U vzorku pozitivního na rearanži genu ALK pozorujeme jeden žlutý, jeden červený a jeden zelený signál (obr. 1). U negativního vzorku pak dva žluté signály (obr. 2). („dual color“ filtr)

Obrázek 1.
Jádro pozitivní na zlom genu ALK.

Obrázek 2.
Jádro negativní na zlom genu ALK.

1. Kutok JL, Aster JC.:Molecular biology of anaplastic lymphoma kinase-positive anaplastic large-cell lymphoma. J Clin Oncol. 2002 Sep 1;20(17):3691-702. Review.
2. Morris SW, Kirstein MN, Valentine MB, Dittmer KG, Shapiro DN, Saltman DL, Look AT. Fusion of a kinase gene, ALK, to a nucleolar protein gene, NPM, in non-Hodgkin's lymphoma.Science. 1994 Mar 4;263(5151):1281-4. Erratum in: Science. 1995 Jan 20;267(5196):316-7.