Služby - Molekulární genetika

Traslokace t(12;15) (p13;q25) je markerem několika typů neoplásií. Je charakteristicky nalézána u sekrečního karcinomu prsu, kongenitálního fibrosarkomu, celulárního a smíšeného typu mezoblastického nefromu a vzácně i u akutní myeloidní leukemie.

Tato translokace zasahuje geny ETV6 (TEL) na chromozómu 12 a NTRK3 (TRKC) na chromozómu 15. Nejčastěji při ní dochází ke zlomu v intronu 5 genu ETV6 a intronu 12 genu NTRK3. Vzniká tak fúzní gen, resp. protein, kde je N-terminální helix-loop-helix (HLH) dimerizační doména vysoce exprimovaného transkripčního faktoru ETV6 spojena s tyrozin kinázovou doménou genu NTRK3. Chimerický protein podléhá ligand dependentní, HLH zprostředkované dimerizaci s následnou aktivací tyrozin kinázové domény NTRK3. Aktivovaná tyrozin kináza pak prostřednictvím řady signálních drah působí při transformaci buňky.

Přítomnost translokace t(12;15), popř. zlomu genu ETV6, analyzujeme pomocí RT-PCR a FISH.

RT-PCR
Při RT-PCR izolujeme mRNA a po jejím přepisu do cDNA detekujeme chimerické transkripty pomocí PCR. PCR produkty jsou vizualizovány prostřednictvím agarózové elektroforézy (obr. 1) a pozitivní vzorky sekvenovány (obr. 2).

FISH
Při FISH detekujeme pomocí ETV6 Dual Color, Break Apart Rearrangement Probe firmy Vysis/Abbott zlom genu ETV6 (tato próba neidentifikuje specifického translokačního partnera). U vzorku pozitivního na rearanži genu ETV6 pozorujeme jeden žlutý, jeden červený a jeden zelený signál (obr. 3a). U negativního vzorku pak dva žluté signály (obr. 3b). („dual color“ filtr)

Obrázek 1.
Detekce translokace t(12;15) pomocí RT-PCR. 1,2 – negativní vzorky, 3 – pozitivní vzorek, 4 – pozitivní kontrola, 5 – negativní kontrola, 6 – voda, M – marker.

Obrázek 2.
Sekvenogram s vyznačeným místem fúze genů ETV6 a NTRK3.

Obrázek 3.
FISH ETV6 – 3a - pozitivní, 3b - negativní.

a)

b)

1. Rubin BP, Chen CJ, Morgan TW, Xiao S, Grier HE, Kozakewich HP, Perez-Atayde AR, Fletcher JA. Congenital mesoblastic nephroma t(12;15) is associated with ETV6-NTRK3 gene fusion: cytogenetic and molecular relationship to congenital (infantile) fibrosarcoma. Am J Pathol. 1998;153(5):1451-1458.
2. Knezevich SR, McFadden DE, Tao W, Lim JF, Sorensen PH. A novel ETV6-NTRK3 gene fusion in congenital fibrosarcoma. Nat Genet. 1998;18(2):184-18
3. Tognon C, Knezevich SR, Huntsman D, Roskelley CD, Melnyk N, Mathers JA, Becker L, Carneiro F, MacPherson N, Horsman D, Poremba C, Sorensen PH. Expression of the ETV6-NTRK3 gene fusion as a primary event in human secretory breast carcinoma.Cancer Cell. 2002;2(5):367-376.
4. Bourgeois JM, Knezevich SR, Mathers JA, Sorensen PH. Molecular detection of the ETV6-NTRK3 gene fusion differentiates congenital fibrosarcoma from other childhood spindle cell tumors. Am J Surg Pathol. 2000;24(7):937-946.
5. Pfeifer JD (Ed). Molecular Genetic Testing in Surgical Patology. LWW 2006. Philadelphia, USA.