Služby - Molekulární genetika

Traslokace t(12;16) (q13;p11) je nalézána v přibližně 95 % myxoidních liposarkomů.

Dochází při ní ke spojení genů TLS (FUS) na chromozómu 16 (exon/intronová struktura homologní s EWS) s genem CHOP (DDIT3, GADD153) z chromozómu 12. Místa zlomů jsou poměrně variabilní. Nejčastěji jsou nalézány zlomy v intronech 5, 7 a 8 genu TLS a v intronu 1 genu CHOP. Různé druhy spojení pak dávají vzniknout různým typům fúzních genů (Typ 1-4). Fúzní gen kóduje chimerický protein, kde N-terminální oblast genu TLS s aktivační doménou, je fůzována s kompletním genem CHOP, transkripčním faktorem s bZIP rodiny. Chimerický protein pak inhibuje diferenciaci preadipocytů a indukuje onkogenní transformaci.

Pozn. část myxoidních liposarkomů nese translokaci t(12;22) (q13;q12) EWS/CHOP.

Přítomnost translokace t(12;16), popř. zlomu genu CHOP, analyzujeme pomocí RT-PCR a FISH.

RT-PCR
Při RT-PCR izolujeme mRNA a po jejím přepisu do cDNA detekujeme chimerické transkripty pomocí PCR. PCR produkty jsou vizualizovány prostřednictvím agarózové elektroforézy (obr. 1). (Vzhledem k velikosti PCR produktu u typu 1 (379 bp) je nutné analýzu provádět z čerstvého materiálu)

FISH
Při FISH detekujeme pomocí CHOP Dual Color, Break Apart Rearrangement Probe firmy Vysis/Abbott zlom genu CHOP (tato próba neidentifikuje specifického translokačního partnera). U vzorku pozitivního na rearanži genu CHOP pozorujeme jeden žlutý, jeden červený a jeden zelený signál (obr. 2A). U negativního vzorku pak dva žluté signály (obr. 2B). (dual color filtr)

Obrázek 1.
Detekce translokace t(12;16) pomocí RT-PCR. 1,2,3, 4, 6 – negativní vzorky, 5,7,8 – pozitivní vzorky (typ 2), M – marker.

Obrázek 2.
FISH CHOP.

A) Jádro pozitivní na zlom genu CHOP.

B) Jádro negativní na zlom genu CHOP.

1. Rabbitts TH, Forster A, Larson R, Nathan P. Fusion of the dominant negative transcription regulator CHOP with a novel gene FUS by translocation t(12;16) in malignant liposarcoma. Nat Genet. 1993;4(2):175-180.
2. Adams V, Hany MA, Schmid M, Hassam S, Briner J, Niggli FK. Detection of t(11;22)(q24;q12) translocation breakpoint in paraffin-embedded tissue of the Ewing's sarcoma family by nested reverse transcription-polymerase chain reaction. Diagn Mol Pathol. 1996 Jun;5(2):107-13.
3. Hisaoka M, Tsuji S, Morimitsu Y, Hashimoto H, Shimajiri S, Komiya S, Ushijima M. Detection of TLS/FUS-CHOP fusion transcripts in myxoid and round cell liposarcomas by nested reverse transcription-polymerase chain reaction using archival paraffin-embedded tissues.Diagn Mol Pathol. 1998 Apr;7(2):96-101.
4. Hill DA, O'Sullivan MJ, Zhu X, Vollmer RT, Humphrey PA, Dehner LP, Pfeifer JD.Practical application of molecular genetic testing as an aid to the surgical pathologic diagnosis of sarcomas: a prospective study.Am J Surg Pathol. 2002;26(8):965-977
5. Pfeifer JD (Ed). Molecular Genetic Testing in Surgical Patology. LWW 2006. Philadelphia, USA.