Služby - Molekulární genetika

Reciproká translokace t(17;22)(q22;q13) a nadpočetný kruhový chromozóm, r(17;22), jsou charakteristickými znaky nádorového onemocnění zvaného dermatofibrosarkoma protuberans (DFSP) a jeho variant.

Obě aberace dávají vzniknout fúznímu genu složenému z genu pro kolagen typu Iα1 (COL1A1) lokalizovaném na chromozómu 17 a genu pro β řetězec destičkového růstového faktoru (PDGFB, platelet-derived growth factor, B subunit) z chromozómu 22. Ke zlomu dochází nejčastěji v intronu 1 genu PDGFB a v nejméně 20 intronech genu COL1A1, což vede ke značné strukturální heterogenitě fúzního genu COL1A1/PDGFB.

COL1A1/PDGFB fúze nahrazuje silné negativně regulační sekvence umístěné v 5` oblasti genu PDGFB za promotorové sekvence genu COL1A1, hlavního strukturního proteinu extracelularní matrix pojivových tkání. To zřejmě vede k aktivaci exprese genu PDGFB a po autokrinní stimulaci PDGF receptoru k nádorové transformaci.

PDGF receptor náleží do skupiny tyrozin kináz, které jsou selektivně inhibovány specifickými nízkomolekulárními látkami typu imatinib mesylátu. To vedlo k myšlence využití tohoto inhibitoru v léčbě DFSP. Poslední studie pak naznačují, že pacienti s metastatickým DFSP poměrně dobře reagují na léčbu tímto preparátem.

K detekci translokace t(17;22)(q22;q13) využíváme jednokolovou multiplex RT-PCR (obr. 1) s následným ověřením fúzního produktu pomocí přímého sekvenování (obr. 2). Zároveň je pomocí break apart FISH próby detekován zlom genu PDGFB.

Obrázek 1.
Agarózový gel s fúzními produkty RT-PCR detekujícími translokaci t(17;22)(q22;q13). 1 – marker, 2 – negativní vzorek, 3 – pozitivní kontrola (sekvence viz obr. 2), 4 – negativní kontrola, 5 – voda.

Obrázek 2.
Sekvenogram s vyznačeným místem fúze genu COL1A1 (exon 38) s genem PDGFB (exon 2).

1. McArthur G. Molecular targeting of dermatofibrosarcoma protuberans: a new approach to a surgical disease. J Natl Compr Canc Netw. 2007;5(5):557-562.
2. Sirvent N, Maire G, Pedeutour F. Genetics of dermatofibrosarcoma protuberans family of tumors: from ring chromosomes to tyrosine kinase inhibitor treatment. Genes Chromosomes Cancer. 2003;37(1):1-19. Review.
3. Wang J, Hisaoka M, Shimajiri S, Morimitsu Y, Hashimoto H. Detection of COL1A1-PDGFB fusion transcripts in dermatofibrosarcoma protuberans by reverse transcription-polymerase chain reaction using archival formalin-fixed, paraffin-embedded tissues. Diagn Mol Pathol. 1999;8(3):113-119.