Služby - Molekulární genetika

Synoviální sarkom (SS) představuje přibližně 10% všech sarkomů měkkých tkání. Typicky se vyskytuje u pacientů v adolescentním a mladém dospělém věku. SS se dělí na dva základní histologické subtypy: bifazický a monofazický SS. Bifazický SS se skládá z epiteliálních buněk uspořádaných do glandulárních struktur a z vřetenitých buněk, kdežto monofazický SS obsahuje pouze vřetenobuněčnou složku.

Synoviální sarkom je charakterizován specifickou translokací t(X;18), jejímž důsledkem je fůze genu SYT (18q11) a jednoho z příbuzných genů SSX1 (Xp11.23), resp. SSX2 (Xp11.21). Chimerický transkript SYT-SSX pravděpodobně dereguluje transkripci některých významných genů.

SYT-SSX fúzní transkript představuje velmi citlivý a specifický marker synoviálních sarkomů, navíc existuje korelace mezi typem fúzního transkriptu SYT-SSX a histologickým subtypem SS. U bifazických SS v převážné většině nacházíme translokaci SYT-SSX1, kdežto monofazické SS nesou většinou translokaci SYT-SSX2.

Přítomnost translokace t(X;18), popř. zlomu genu SYT, analyzujeme pomocí RT-PCR a FISH.

RT-PCR
Při RT-PCR izolujeme mRNA a po jejím přepisu do cDNA detekujeme chimerické transkripty pomocí PCR s univerzálními primery a primery specifickými pro oba jednotlivé fúzní typy. PCR produkty jsou vizualizovány prostřednictvím agarózové elektroforézy. Na obr. 1 je znázorněna detekce pomocí univerzálních primerů: 1 až 5 – pozitivní vzorky, 6 – negativní vzorek, 7 – pozitivní kontrola, 8 – negativní kontrola, 9 – voda. Na obr. 2 je pak detekován specifický fúzní partner: 2,3,6,7 – pozitivní vzorky s fúzí SYT/SSX2, 4 – pozitivní vzorek s fúzí SYT/SSX1, 1 a 8 – negativní vzorky, 9 – negativní kontrola, 10 – voda. Specifita fúzních produktů je verifikována sekvenováním (obr. 3).

FISH
Při FISH detekujeme pomocí SYT Dual Color, Break Apart Rearrangement Probe firmy Vysis/Abbott zlom genu SYT (tato próba neidentifikuje specifického translokačního partnera). U vzorku pozitivního na rearanži genu SYT pozorujeme jeden žlutý, jeden červený a jeden zelený signál (obr. 4a). U negativního vzorku pak dva žluté signály (obr. 4b).

Obrázek 1
Detekce t(X;18) pomocí RT-PCR s použitím univerzálních primerů - fotografie agarózového gelu. Jamky 1 až 5 – pozitivní vzorky, 6 – negativní vzorek, 7 – pozitivní kontrola, 8 – negativní kontrola, 9 – voda.

Obrázek 2
Detekce specifického fúzního partnera genu SYT při t(X;18) pomocí RT-PCR - fotografie agarózového gelu. Jamky 2,3,6,7 – pozitivní vzorky s fúzí SYT/SSX2, 4 – pozitivní vzorek s fúzí SYT/SSX1, 1 a 8 – negativní vzorky, 9 – negativní kontrola, 10 – voda.

Obrázek 3
Sekvenogram s vyznačeným místem fúze genu SYT a genu SSX2.

Obrázek 4
Detekce translokace t(X;18) pomocí FISH.

a) pozitivní

b) negativní

1. O'Sullivan MJ, Kyriakos M, Zhu X, Wick MR, Swanson PE, Dehner LP, Humphrey PA,Pfeifer JD.Malignant peripheral nerve sheath tumors with t(X;18). A pathologic and molecular genetic study.Mod Pathol. 2000 Dec;13(12):1336-46.